本发明提供一种石窟风化裂隙智能识别和三维重构方法、系统和存储介质，所述方法包括：将通过近景摄影获取的影像图像基于运动恢复结构技术生成密集三维点云数据；利用动态聚类算法对其进行聚类，基于聚类结果对每个风化裂隙面所在的平面进行分割，并基于此识别损伤区域的风化裂隙；通过平面拟合算法表征风化裂隙几何特征参数；统计风化裂隙几何特征参数并得到其概率分布模型；将密集三维点云数据利用几何拓扑信息封装形成三维实体模型，并基于各风化裂隙几何特征参数的统计结果和概率分布模型在封装形成的三维实体模型中分区构建得到矩形的风化裂隙网络。本发明能够真实反映损伤区中风化裂隙的几何形貌、尺度、数量和空间分布特征。