本申请涉及机械加工尺寸控制技术领域，特别涉及一种发动机缸盖底板尺寸控制方法和系统。所述发动机缸盖底板尺寸控制方法包括以下步骤：在缸盖毛坯的毛坯顶面铣削掉初步铣削量，以铣削后的顶面作为加工基准；根据所述加工基准，检测毛坯底板的厚度；根据所述毛坯底板的厚度，计算加工余量调整量，并记录在载体上；根据加工余量调整量，计算加工余量；完成加工余量的分配；完成缸盖加工。本申请实施例通过提供一种发动机缸盖底板尺寸控制方法和系统，以解决相关技术中按固定加工余量对缸盖毛坯加工时，由于毛坯底板的厚度不定，导致加工出的底板厚度不合格的问题。