本发明公开了一种多水库、多线路、多受水区的跨流域调水工程联合调度规则优化方法，包括：获取跨流域调水工程的基本资料和相关参数；对跨流域调水工程进行概化，并设计联合调度规则基本型式；基于预设的跨流域调水工程联合优化调度规则基本型式，采用模拟—优化方法构建和优化跨流域调水工程多目标优化调度模型，获取跨流域调水工程联合优化调度规则方案集；利用层次分析法对方案集进行优选，并通过参数解码获得最优方案对应的多水库、多线路、多受水区的跨流域调水工程联合调度规则。本发明满足自主选择跨流域调水工程联合优化调度规则要求，所制定的多水库、多线路、多受水区的联合优化调度规则能够有效提升跨流域调水工程的综合调度效益。