本发明提供一种信号机控制系统及其运行方法，该信号机控制系统包括：车载设备组件，车载设备组件包括CTCS车载设备和CBTC车载设备，用于实现列车运行制式的切换；计算机联锁，用于收目标车载设备发送的运行数据和制式切换信息，以实现进路、道岔、信号、轨道的控制或监控，并在列车位于目标主轨区段的情况下，根据目标车载设备发送的运行数据和制式切换信息，确定列车的目标运行制式，根据目标运行制式控制信号机的信号灯切换至目标显示状态；该信号机控制系统能够根据不同的运行制式自动控制信号机显示状态，提高了信号机的工作效率。