本发明涉及废水处理技术领域，具体公开了一种头孢类制药废水的处理方法。所述头孢类制药废水的处理方法，将土地鞘氨醇盒菌M03或其菌剂接种到废水中进行废水处理。其中，所述土地鞘氨醇盒菌M03的保藏号为CGMCC No.27620。本发明将驯化的土地鞘氨醇盒菌M03直接加入到头孢类制药废水中进行处理，土地鞘氨醇盒菌M03在头孢类制药废水中的活性和耐冲击性好，既能在含有抗生素残留物及其中间代谢产物的头孢类制药废水中生存，又能有效降解有机污染物，因此无需对头孢类制药废水进行稀释等预处理，操作简便，简化了废水处理步骤，处理效果好，为生物法处理头孢类制药废水提供了新的思路。