本发明公开了一种燃料电池系统故障判断方法、装置、车辆及存储介质，所述方法包括：获取燃料电池系统的环境温度；若环境温度小于等于零度，则获取燃料电池系统的排气排水阀的状态及控制器对排气排水阀的控制指令；在控制器发出控制指令后的设定时间内，采集燃料电池系统的氢气循环流路的氢气浓度，根据氢气浓度的变化情况对燃料电池系统进行故障判断。本发明公开的燃料电池系统故障判断方法，通过采集燃料电池系统的环境温度以及氢气循环流路的氢气浓度对燃料电池系统的排气排水阀是否出现冻结故障进行判断，充分利用了排气排水阀与系统状态量变化之间的逻辑关系，方法简便易操作，可以稳定、可靠、全面地判断排气排水阀是否出现冻结故障。