一种快慢车混合运营的市域快轨线路通过能力计算方法，基于解析法和直接计算法的线路通过能力计算理论的基础上，建立包含追踪运行以及越行两种快慢车模式的线路通过能力计算框架和思路。以列车停站时间、起停附加时间、追踪间隔时间、快慢车开行列数、快慢车越行方式、越行站设置数量及位置等影响线路通过能力的因素为输入，通过运行图结构推理的方式，在快车停站以及快车不停站等情况下分别对追踪运行和越行两种模式的线路通过能力进行推理和计算；由此，本发明解决了面向复杂列车开行方案的快慢车混合运营模式下线路通过能力计算方法兼容性差的技术问题，还解决了不同快慢车开行比例下的快慢车混合运行周期时间计算难的技术问题。