本发明涉及数据处理技术领域，具体涉及一种基于深度学习的工程咨询信息全流程管理方法及系统，包括：确定文件处理范围，且在范围内对文件进行初级分类；获得文件的预处理方式集合，且基于预处理方式集合确定针对各分类结果统一的预处理方案和深度学习模型；获得对应每种分类结果的预处理结果；对各种分类结果对应的预处理结果进行综合评价；获得文件预处理评价结果；依据文件预处理评价结果确定最终的一种文件分类方式，根据所提取的分类结果对预处理方案进行调整，获得文件处理结果。本发明能够有效地解决工程文件管理中的分类和处理难题，提高管理效率和数据应用价值，所采用的灵活的预处理和分类选择机制确保了方法的适应性和持续优化能力。