本发明涉及人工智能和三维重建的工程应用领域，具体涉及公路设施病害基于深度学习的标准化自动孪生方法及系统，方法包括以下步骤：基于深度学习的分层级分类算法将在役公路设桥梁的主要病害类别自动分类；根据病害类别生成带桥梁病害信息的IFC文件，带桥梁病害信息的IFC文件是通过病害、元素病害以及桥梁检测任务的关系UML图建立的；建立带桥梁病害信息的IFC文件和桥梁的几何孪生模型上病害之间的关联，生成IFC结构化格式呈现的桥梁的几何孪生模型。本发明为桥梁检测病害数据管理和预测预警分析提供直观可靠的数据支撑。