本申请涉及一种混凝土变形缝的止水结构，其包括安装于混凝土变形缝的止水条、以及填充于混凝土变形缝与止水条之间缝隙的磁性防水胶；止水条包括止水条本体、设于止水条本体两侧的止水倒刺、设于止水倒刺上的金属磁片。本发明提供一种混凝土变形缝的止水结构及止水方法，止水结构中，止水条设有止水倒刺，使得止水条与混凝土变形缝处的隧道结构紧密贴在一起，增加止水条与隧道间的阻力，防止水压力过大而挤出止水条；止水倒刺上设置了金属磁片，磁性防水胶填充止水条与混凝土变形缝间的缝隙，金属磁片与磁性防水胶配合进一步增强隧道结构与止水条之间的粘结性，保证止水效果，降低再次漏水的风险；止水结构方便好安装，对附属封堵结构的破坏小。