本发明公开一种综合能源系统不良数据预处理方法及系统，属于综合能源系统领域；一种综合能源系统不良数据预处理方法包括：首先采集综合能源系统状态实时量测数据，并进行归一化处理；然后输入综合能源系统不良数据检测模型中，若检测模型判定量测数据中存在不良数据，则进行辨识和修正；若检测模型判定量测数据为正常量测数据，则结束数据预处理流程；最后利用综合能源系统不良数据辨识修正模型确定不良数据所在的位置并对其进行修正，并结束数据预处理流程；该方法可以根据量测数据的重构误差，实时、准确地检测出随机误差过大、量测丢失以及恶意数据攻击等不良数据，相比于传统监督学习算法，其在训练样本较少时有着更精准的检测效果。