本说明书实施例提供了一种跨地区的能源互联网综合效益评估系统，包括参数输入模块、互联优化模块、综合效益计算模块和局部效益对比模块；参数输入模块用于输入各地区不同情景的能源互联网基础参数；互联优化模块用于根据不同情景的能源互联网基础参数，以总成本最小化为目标函数，设置约束条件，优化各地区间能源互联方案；综合效益计算模块用于根据不同情景的能源互联方案计算跨地区的能源互联综合效益；局部效益对比模块用于根据总成本效益和度电成本效益对当前方案进行综合效益判定，并根据判定结果选定目标地区，生成参考情景联网方案。本发明能够采用全局优化方法给出最优的跨地区能源互联方案，进行效益分析。