本发明公开了一种中红外消色差双棱镜偏转角度自准直标定系统及方法，涉及于光学测量领域，该方法包括：先获取中红外图像探测器上的初始成像状态以及电控二维偏转镜的初始偏转状态；再采用自动寻优算法调整电控二维偏转镜的偏转角，获取中红外图像探测器上的最终成像状态以及电控二维偏转镜的最终偏转状态；以中红外图像探测器上的初始成像状态、电控二维偏转镜的初始偏转状态、中红外图像探测器上的最终成像状态以及电控二维偏转镜的最终偏转状态为基础，确定双棱镜组件的偏转角度，完成偏转角度的自准直标定。本发明通过自动寻优算法对电控二维偏转镜的偏转角的自动调整，实现了光束大角度偏转自动精确标定，有效地降低了测量耗时以及成本。