本发明公开了一种绿色合成氨控制系统及方法。该系统包括第一压缩机、第二压缩机、氨合成反应器、第一调节阀、第二调节阀、第三调节阀、第四调节阀、第一冷却器、分离器、温度检测装置和控制装置；第一压缩机、氨合成反应器、第一冷却器和分离器依次连接；温度检测装置连接氨合成反应器，适于检测氨合成反应器不同位置的温度；控制装置用于根据温度检测结果调节第四调节阀的开度，并判断氨合成反应器出口的温度是否达到第一预设阈值，若否，调节第一调节阀的开度，和/或，调节第二调节阀的开度，和/或，调节第三调节阀的开度，以使氨合成反应器出口温度达到第一预设阈值；该系统实现可在10％～100％范围内进行快速柔性负荷调节，保证系统稳定安全运行。