本发明提供了一种筛选代谢蔗糖的干酪乳杆菌发酵剂的方法，包括：sacA基因的扩增，待测菌蔗糖‑6‑磷酸水解酶氨基酸序列的确定，蔗糖‑6‑磷酸水解酶氨基酸序列的比对，以及待测菌对蔗糖利用情况的验证。本发明所述方法通过蔗糖‑6‑磷酸水解酶的氨基酸序列定向筛选代谢蔗糖的干酪乳杆菌，以筛选获得的干酪乳杆菌作为发酵剂应用在乳制品发酵，有利于发酵乳中干酪乳杆菌的产酸，提高发酵速率、提升发酵乳品质，在新型发酵剂筛选中具有重要的应用意义。