本发明涉及可以减少堆叠有两个以上半导体基板的堆叠结构的制造步骤的数量的半导体器件、制造方法、摄像元件和电子设备。半导体器件具有至少第一半导体基板和第二半导体基板堆叠的堆叠结构，在第一半导体基板中，第一布线层堆叠在第一半导体层上，在第二半导体基板中，第二布线层堆叠在第二半导体层上。第一半导体基板和第二半导体基板电气连接且至少穿过第一半导体层的贯通孔形成在嵌入式氧化膜内部，该嵌入式氧化膜是在执行形成于第一半导体层中的半导体元件的元件隔离时形成的。本技术能够应用于例如堆叠式半导体器件。