本发明提供了一种甲醇发动机的甲醇加热控制方法、装置及系统，在甲醇发动机增加甲醇加热器，在甲醇温度过低且发动机水温也过低时，采用电加热模式，启动甲醇加热器，并控制发动机加热循环水路中的电磁阀关闭，利用甲醇加热器加热发动机水温，以使发动机水温升高对甲醇进行加热，直到发动机水温不小于水温阈值，采用发动机循环水加热模式，关闭甲醇加热器，并控制发动机加热循环水路中的电磁阀开启，利用发动机加热循环水路对甲醇进行加热。本发明解决了甲醇发动机在低温情况下喷射雾化效果不好的问题，提高了甲醇在气缸内部的燃烧效率，从而提升甲醇发动机的性能。