本发明涉及一种用于盾构自动拼装系统的操作方法及系统，通过一遥控器实现对盾构自动拼装系统进行操作控制，包括如下步骤：接收遥控器发出的操作模式信号并进入对应的操作模式；当进入手动拼装模式时，接收遥控器发出的控制信号，并发送给盾构拼装机上对应的执行元器件执行；当进入全自动拼装模式时，启动盾构自动拼装系统对盾构拼装机的拼装作业进行自动控制；当进入半自动拼装模式时，接收遥控器发出的轨迹规划信号，并发送给盾构自动拼装系统执行以获取对应的轨迹结果并反馈；接收遥控器发出的执行信号，将轨迹结果发送给盾构拼装机进行执行。本发明可以无缝的在手动、半自动以及全自动之间进行切换以应对各种工况的需求，能够提高施工效率。