本发明公开了一种基于数字孪生的发动机故障排查方法及系统包括，根据发动机正常工况历史运行数据，建立发动机数字孪生模型，将发动机数字孪生模型按照功能特征进行分割，得到分割后的不同特征数字孪生模型；根据不同特征数字孪生模型，结合发动机故障工况历史运行数据以及故障信息，建立第一故障诊断模型；对不同特征数字孪生模型进行故障遍历，结合机器学习，建立第二故障诊断模型；根据第一故障诊断模型以及第二故障诊断模型，完成对发动机故障排查。通过数字孪生技术，可以更洞察发动机的性能和运行方式，针对问题，大大提高了排查效率和准确性，帮助工程师更快、更准确地定位和解决故障，降低了人工成本。