本发明公开了一种茭白黑粉菌(Ustilago esculenta)，其保藏号为CGMCC No.40037。本发明还公开了所述茭白黑粉菌用于制备用于促进茭白的生长和孕茭的微生物菌剂的应用，以及以所述茭白黑粉菌为主要活性组分的微生物菌剂。本发明的茭白黑粉菌(Ustilago esculenta)在离体规模化生物发酵后，通过田间喷施或灌施的方法使茭白黑粉菌成为优势菌群而在植物中定殖生长而促进孕茭，同时又不会产生灰茭等不利因素，从而达到满足茭农生产的实际需要和绿色环保的要求。