本发明提供基板处理装置。本发明提供一种使附着于使用超临界流体进行处理后的基板的表面的微粒水平降低的基板处理装置、基板处理方法以及存储介质。在将处理容器(301)内的压力从比处理流体的临界压力低的压力(例如常压)升压到比临界压力高的处理压力的升压工序的至少一部分期间，一边使处理流体以被控制后的排出流量从处理容器排出，一边从流体供给源向处理容器供给处理流体，由此进行升压。附着于处理容器内的构件表面的微粒由于从流体供给源向处理容器供给处理流体而上扬。该微粒与处理流体一起从处理容器被排出。