本发明提供一种多分路燃油供给切换方法及系统。其中，控制系统按照各个分油路的供油顺序首先控制转换电磁阀切换至多个分油路中第一分油路向发动机供油分箱输油，并实时判断发动机反馈的燃油消耗数据是否达到第一分油路对应的燃油误差缓冲值，在达到时控制转换电磁阀切换至第二分油路向发动机供油分箱输油，以此类推，直至所有分油路均达到对应燃油误差缓冲值后，控制系统开始按小量切换策略控制供油：每达到燃油小量固定值时，转换电磁阀切换一次供给分路，直至导弹完成飞行。本发明解决了发动机反馈燃油消耗量的误差对分路供油系统造成的影响；确保了多分路系统中不会存在额外剩油影响导弹射程。