本发明涉及一种具有微针结构热源的流量芯片的制作方法。本发明包括提供一衬底；在所述衬底上制作多晶硅半导体层；以所述多晶硅半导体层为光刻图形化基础，在所述衬底上分别制作MEMS热式流量传感器芯片的上游热电堆测温元件、下游热电堆测温元件和中心热源；所述中心热源的制作方法包括：对所述多晶硅半导体层通过光刻图形化，形成中心热源层热电偶；在所述中心热源层热电偶表面制作一层单层有序PS球阵列层；将所述单层有序PS球阵列层表面通过磁增强反应离子刻蚀的方法蚀刻出一层微阵列微针微纳圆锥结构。本发明通过在热源上方刻蚀硅微针结构，避免了由于热源温度过度波动而引起的误差，从而提高了整体芯片的精度。