本发明公开了一种多入出口竖井立式车库及其控制系统、控制方法，该车库包括由地面向地下垂直设置的多层车辆存取库，每层车辆存取库划分为若干停车区域，多层车辆存取库上下对应的停车区域共享一个升降台，每个停车区域匹配一个移车器，升降台用于承载车辆进入相匹配的停车区域或移出当前的停车区域，移车器用于升降台与停车位之间以及停车区域内多个停车位之间的车辆移动；车辆存取库分为地面缓存库和多个地下停车库，地面缓存库用于临时停放待载入地下停车库的车辆或待取走的预先从地下停车库取出的车辆。本发明具有多地面存车出入口、多层停车库以及多升降台和移车器的结构特点，可以同步协调各层移车和升降作业，运行效率更高、可维护性更好。