本发明属于高通量测序数据处理领域，具体涉及一种高效利用微生物扩增子二代测序数据的处理方法、装置、存储介质及设备。包括：获取原始序列文件、元数据文件和参考序列文件；对原始序列末尾碱基进行质控；合并序列并切除序列引物与接头碱基，进行质控过滤和去除低丰度序列；筛选出特征序列后再剔除嵌合体序列；将低质量序列和低丰度序列回收并与特征序列进行比对，生成ASV表；根据参考序列文件对特征序列进行比对注释，得到注释结果；使用近邻法构建系统发育树。本处理方法提供了一个完整而高效的流程，可以在确保数据准确性的同时，显著提高扩增子二代测序数据的利用率。它解决了以往在处理扩增子序列数据时利用效率低和假阴性过高的问题。