本发明公开了一种基于空间相关性的湖泊面积插值方法及系统，包括如下步骤：步骤S1.获取湖泊长时序监测遥感影像并从中提取湖泊面积，然后对水体面积数据进行预处理以剔除异常值；步骤S2.利用湖泊的水体面积数据作为变量统计各湖泊之间的相关性；步骤S3.基于单个湖泊与其周边的n个湖泊的水体面积数据相关性，选择其中相关性最强的湖泊作为最相关湖泊，建立单个湖泊与最相关湖泊水体面积之间的映射关系，通过最相关湖泊水体面积变化情况来预测单个湖泊的面积变化；步骤S4.评估空间相关性湖泊面积插值的效果。本发明能够很好的计算在湖泊面积随时间变化剧烈情况下的湖泊面积，相较于传统的插值方法能更好反应实际湖泊面积的变化。