本发明提供了一种基于甲基化水平的多癌种检测系统及电子设备，属于医疗检测领域，系统包括：样本采集模块，用于采集待测目标的外周静脉血，得到待测样本；甲基化水平提取模块，与样本采集模块连接，用于提取待测样本的循环游离DNA甲基化水平；预测模块，与甲基化水平提取模块连接，用于根据待测样本的循环游离DNA甲基化水平，采用多癌种检测模型，确定待测样本的类型；类型为肺癌、肝癌、肠癌或健康；多癌种检测模型为预先采用训练样本集对XGBoost进行训练得到的；训练样本集中包括多个训练样本的循环游离DNA甲基化水平及各训练样本的类型。本发明实现了多个癌种（肺癌、肠癌、肝癌）的精准检测。