本发明公开了一种船用防止甲醇舱舱内气体过压的自动装置及运行方法，喷射器的第一进口端与气动电磁截止阀，单向止回阀，压力检测传感器以及吸入管按顺序依次连接，吸入管连接压力检测传感器；气动电磁截止阀通过压缩空气管连接电控制箱，电控制箱分别与压力检测传感器和消防泵控制箱电性连接；吸入管一端连接于甲醇舱透气通岸主管；喷射器第二进口端与消防水管路连接；喷射器出口端连接喷射器排出管路；喷射器排出管路连接舷侧截止止回阀；甲醇舱透气通岸主管上安装有防火网；甲醇舱透气通岸主管一端通过端部截止阀置于舷侧，一端连接于甲醇液舱；本发明自动降低甲醇舱气体压力，避免了通过人工操作降压方法所带来的滞后缺陷及降压效果不准确的风险。