本发明涉及生物信息学技术领域，特别是涉及实体瘤微小病灶残留的检测panel、探针组及其应用。本发明提供的筛选方法可以兼顾性能与成本，形成固定化小panel，在不损失性能的前提下，尽量缩减panel大小，筛选得到的检测panel对于尿路上皮癌、膀胱癌、结直肠癌、食管癌、肝癌、肺腺癌、肺鳞癌、胰腺癌、胃癌，检出率都在90%以上，平均能检测到2个以上的阳性位点，满足检测要求。另外，本发明通过向小panel中添加个性化探针的方式，扩大追踪位点数目、提高检测灵敏度，同时检测肿瘤组织中未发现的突变位点，有能力规避肿瘤异质性，还可以检测新发突变，融合组织知情分析法和组织不知情分析法，使二者形成互补。