本发明公开了一种毛囊微针种植控制系统，属于毛囊植发技术领域，包括毛囊开口位置识别模块、毛囊孔方向估计模块、参照毛囊开口位置识别模块、微针方向识别模块、报警模块。本发明通过设置的毛囊孔方向估计模块等，能够较为准确地估计毛囊孔的方向信息，在后续进行毛囊植入时，能够在该毛囊孔附近植入一个方向基本一致的新毛囊，保证了毛囊植入的质量，避免了传统采用医生肉眼判断毛囊孔的方向存在的会导致植入的毛囊受损或者种植效果不理想，使患者的植发体验大大降低的问题。