本发明属于食品生物技术领域，具体涉及一种基于微粘度分子转子的高通量筛选胞外多糖高产菌株的方法。本发明利用微生物发酵液和分子转子混合得到混合液，通过测定混合液的荧光强度判断该微生物的胞外多糖生产能力。利用分子转子探索荧光技术用来更高效地研究微生物发酵体系的多糖凝胶机械特性，采用分子转子作为多糖体系的嵌入式传感器，荧光数据结合传统的流变学检测，建立一种快速评估微生物产胞外多糖能力的高通量方法，不需要进行发酵液中多糖的提取和测定，效率是传统方法的数十倍，也不需要传统方法的苯酚、浓硫酸等化学试剂，成本低、操作简单、安全绿色，具有广阔的应用前景。