本发明公开了一种煤矿低矮、狭窄巷道用全自动钻进系统及其协同控制方法，包括泵车和钻车，所述的钻车的车体顶部沿横向依次设置有操控台、主机和补杆机构；所述的钻车的车体底部设置有履带；所述的主机包括设置在钻车的车体顶部的调角变幅结构，所述的调角变幅结构上设置有给进结构，所述的给进结构的两端分别设置有动力头和夹持卸扣结构；通过操控台、主机和补杆机构4的配合，大大降低了钻杆输送时补杆装置的高度，实现了低矮巷道低位孔的全自动施工，独立的自动化钻机用低位孔钻杆抓取装置，整机体积小，施工高度低，实现了钻杆抓取和回放的完全自动化，解决了现有自动化钻机在井下矮小巷道运输通过性差和不能全自动上卸钻杆问题。