本发明涉及暗涵污染源排查技术领域，提供了一种可适用不同工况下暗涵排口的污染源排查方法，包括以下步骤：获取暗涵的主涵道、分支涵道及排口的数据模型；于主涵道的出口处设置第一水质检测装置；于分支涵道汇入主涵道处分别设置第二水质检测装置；第一水质检测装置检测水质分析是否符合设定标准并将结果发送至控制终端；若第一水质检测装置检测的水质不符合设定标准，控制终端启动第二水质检测装置，检测水质分析是否符合设定标准，判断分支涵道对应的排口疑似存在污染排放，在不同工况下，当有污水流入暗涵时，可及时发现和快速定位，利于污染源的排查，且应用成本低，利于推广。