本发明公开了一种卫星定位数据质量控制方法、系统及存储介质，应用于卫星导航定位技术领域，能够实现实时动态定位中的数据质量控制，有效提高卫星定位的准确度。该方法包括：通过预设残差定位算法对预设观测文件的数据进行解算，得到预设解算数据，包括预设载波相位残差序列和信噪比序列；根据预设分类条件分别对预设载波相位残差序列和信噪比序列进行分组，得到分组数据；对分组数据进行统计分析，构建载波相位残差与信噪比的统计对应关系，以通过统计对应关系确定截止信噪比；根据截止信噪比和分组数据构建预设分段定权模型；通过预设分段定权模型对当前载波相位观测值的信噪比数据进行分析，确定权重数据，以根据权重数据进行数据质量控制。