本申请涉及数据处理技术领域，尤其涉及一种基于图嵌入的污水处理结果的预测方法及其系统，包括：通过物联网设备监控采集污水处理工厂的入口条件和中间参数；GE模型依据中间参数得到反映污水处理过程内部潜在联系的特征数据，并且依据反映污水处理过程内部潜在联系的特征数据得到神经网络模型的输入数据；通过神经网络模型预测得到在给定中间参数条件下的出口结果，再依据预测得到的出口结果和入口条件计算得到预测的处理效果。本申请可以提高对STP的处理结果预测的准确性。