本发明实施例涉及一种基于储能PCS拓扑结构的控制方法及系统，所述控制方法包括：获取各电池充放电单元的当前SOC值；依据各电池充放电单元的当前SOC值和预设第一SOC阈值，对各电池充放电单元进行充电或者放电操作；获取各电池充放电单元的当前电池内阻值、温度值和容量值，依据当前电池内阻值、温度值和容量值计算各电池充放电单元的损耗参数；依据各电池充放电单元的损耗参数设置各电池充放电单元的控制电压和起始SOC值；依据各电池充放电单元的控制电压和起始SOC值，控制所述储能PCS模块的工作状态。本发明实施例提供的技术方案，利用储能单元的监测数据制定控制策略，提高了储能单元的工作效率。