本发明提供了一种筛选、制备雷公藤属植物中活性分子群的方法与应用，属于医药技术领域。本发明以雷公藤属植物为原料，基于“分子活性中心‑逆生物合成‑核心骨架简化”与“前体离子扫描捕获‑目标分子定向分离”技术，定向制备以生物合成前体物质为核心骨架的雷公藤属植物活性分子群，具有方法简单，获得的雷公藤属植物活性分子群分子结构新颖，抗类风湿性关节炎药效明确且无明显毒性的显著效果，治疗类风湿性关节炎等自身免疫性疾病的效果明显优于现有雷公藤制剂，且与现有雷公藤制剂相比无明显毒性。