本发明公开了一种沙田柚皮果胶及其生物酶改性果胶的制备方法和应用。本发明将沙田柚皮脱脂，使用柠檬酸辅助亚临界萃取，醇沉透析后得到沙田柚皮果胶，进一步通过生物酶‑复合果胶酶处理所提沙田柚皮果胶以得到具有复合果胶酶改性果胶。复合果胶酶改性果胶增强了沙田柚皮果胶的发酵能力与改变碳水化合物利用，同时提高对肠道健康的调节作用。同时，复合果胶酶改性果胶还可以显着改变发酵液的微生物组成，促进潜在益生菌的生长和抑制病原体的增殖，使肠道微生物菌群形成健康的模式。本发明方法具有环保性和可持续性，可提供更多种类的改性柚皮果胶，具有广泛的应用潜力。