本发明公开了基于小样本数据的土体剪切波速预测不确定性评价方法，涉及土木工程和地震工程相关技术领域，包括以下步骤：S1：结合钻孔资料和室内试验测试钻孔内的土体剪切波速值，建立土体剪切波速Vs值和深度h之间的预测模型，采用幂函数进行拟合，以对任意深度h处的Vs值进行预测。S2：基于点估计法，建立对S1中预测模型的总体不确定性分析。S3：基于点估计法，从而对建立的Vs预测模型进行参数敏感性分析。S4：使用蒙特卡洛模拟方法来验证点估计法的准确性。本发明为最优回归方程的选取和回归方程预测精度的评价提供指导，同时，对剪切波速预测模型的精度进行评价，进而优选出预测精度较高的模型。