本发明涉及一种用于治疗骨质疏松的小分子RNA及其应用。所述小分子RNA为tRF‑1:32‑Gly‑GCC‑4、tRF‑1:31‑Gly‑CCC‑3、tiRNA‑1:34‑Val‑CAC‑2或tiRNA‑1:33‑Gly‑GCC‑2‑M3，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1~4所示。本发明首次发现tRF‑1:32‑Gly‑GCC‑4、tRF‑1:31‑Gly‑CCC‑3、tiRNA‑1:34‑Val‑CAC‑2或tiRNA‑1:33‑Gly‑GCC‑2‑M3对于骨质疏松具有明显的治疗效果，细胞水平和小鼠水平的验证实验均表明了以上小分子RNA能够有效降低骨流失，提高骨密度、骨小梁数量和骨小梁体积分数，降低骨小梁分离度，促进骨形成，抑制骨髓内脂肪形成、破骨细胞数量和骨吸收，改善间充质干细胞分化异常及调控间充质干细胞分化，可以用于制备治疗骨质疏松的药物，为骨质疏松药物的临床治疗和发展提供了新方法和新思路。