本发明公开了一种针对双相情感障碍疾病的辅助诊断装置，包括：结构像预处理单元、功能像预处理单元、结构像特征提取单元、功能像特征提取单元、特征融合单元、分类器训练单元和辅助诊断输出单元。本发明通过结合患者磁共振结构像和功能像的多模态信息，对患者的形态学、低频振幅信号、体素对称同伦连接性信号、功能网络属性、功能网络的边等特征进行融合，充分利用已有信息来提高辅助诊断模型的准确率。同时为了解决医学图像中数据集较少而特征量较多而产生的结果过拟合现象，采用PCA进行特征降维和使用过滤法来进行特征选择，以降低特征冗余量，进而很好的选择出具有显著差异的特征来进行分类诊断，进一步提升辅助诊断的准确率。