本发明公开了一种利用木质纤维素生产高纯度阿洛酮糖的方法，属于微生物发酵技术领域。通过将木质纤维素与无机盐水溶液混合，进行脱半纤维素反应后，分离，得到富含纤维素的固体；对富含纤维素的固体进行酶水解反应后，离心、分离，得到富含葡萄糖的上清液；浓缩富含葡萄糖的上清液后再进行酶催化反应，离心、分离，得到富含阿洛酮糖的上清液；脱除富含阿洛酮糖的糖液中的盐离子，分离、干燥，得到阿洛酮糖。该工艺流程简单易于操作，通过将半纤维素优先移除来克服木质纤维素中半纤维素对纤维素生化转化制备阿洛酮糖的负面影响，使制得的阿洛酮糖的纯度达到99.5％，能为利用木质纤维素生产高纯度阿洛酮糖提供切实可行的技术方案。