本发明提供了一种水电站控制系统及方法，其中，水电站控制系统包括测量装置，所述测量装置与水电站中的设备连接，所述测量装置用于测量水电站的设备参数；励磁调节装置，所述励磁调节装置与所述测量装置连接，所述励磁调节装置用于根据所述设备参数，调整所述水电站的设备的电磁状态；继电保护装置，所述继电保护装置与所述测量装置连接，所述继电保护装置用于根据所述设备参数，选择对应的继电保护方案；多机协同装置，所述多机协同装置与所述测量装置连接，所述多机协同装置用于根据所述设备参数，选择符合预设状态的发电机组作为主机并实时调度剩余发电机组的功率。本发明可以可以在减少人力成本的情况下优化能源利用率。