本发明提供一种脱除百合组培苗短小杆菌属内生菌的方法，包括下列步骤：1）切除组培苗中受污染的叶片、鳞茎盘；2）将步骤1）的组培苗放入质量浓度为0.5%的三氯异氰尿酸、和质量浓度为0.5%的十二烷基磺酸钠、且质量比为1:1的混合液中，浸泡10～15 min；3）用无菌水冲洗3次，4）组培苗接种到MS+50 mg/L硫酸链霉素的培养基上；5）组培苗放置在温度22±1℃、光照时间10—14h/d的培养室中，培养2～3周，观察短小杆菌属内生菌污染情况；6）若没有污染，继续培养2周，将组培苗接入MS+6‑BA 1.0 mg/L+NAA 0.5 mg/L增殖培养基中进行培养；7）若有污染，重复步骤1）—4），即可清除短小杆菌属内生菌。抑菌率可达到90%以上。