本发明公开了一种基于数据选取脑磁子空间投影算法参数的方法及系统，方法包括：S1.测量原始多通道脑磁信号；S2.设定子空间投影的参数的范围，将范围内的参数依次代入子空间投影中，对多通道脑磁信号进行去噪，得到每个参数对应的去噪后多通道脑磁信号；S3.基于感兴趣神经信号构建描述神经信号失真程度的第一子目标函数，基于噪声的信号功率构建描述噪声抑制程度的第二子目标函数；S4.基于第一子目标函数和第二子目标函数构建总目标函数，将去噪后多通道脑磁信号输入至总目标函数中，基于函数输出值选择最优去噪参数。本发明在设定参数范围后，可以自动根据脑磁信号特征寻找范围内最优参数。