本发明公开了一种抗新冠病毒的蛋白或mRNA疫苗及其制备方法和应用。所述抗新冠病毒的蛋白为S蛋白突变体的组合，所述组合包括第一突变体和第二突变体；所述第一突变体与所述第二突变体不同；其中，所述第一突变体具有如SEQ ID NO:19或其变体所示的氨基酸序列；所述第二突变体具有如SEQ ID NO:20或其变体所示的氨基酸序列。所述核酸编码所述的S蛋白突变体。临床前动物试验数据表明本发明的mRNA疫苗对目前新冠病毒主流变异株(variants of concern，VOC)均具有良好保护效果，具有广泛的临床应用前景。