本发明提供了一种资源回收型内河码头制氢加氢站的氧纯化充装系统及运行方法，原气进气系统与原气储罐相连，原气储罐的上部通过连通管与除氢器的下部相连通，除氢器的上部通过连通管与第一氧气冷却器相连；第一氧气冷却器与第一汽水分离器相连，第一汽水分离器的出口连接有用于对氧气进行循环干燥的干燥系统；干燥系统的出口通过第一出气总管和第二氧气冷却器相连，干燥系统的出口通过第二出气总管和氧气储罐相连；第二氧气冷却器的顶部出口与第二汽水分离器相连，第二汽水分离器与干燥系统相连；氧气储罐的出口与增压机相连。此系统能够用于对内河码头制氢工艺过程中所产生的氧气副产物进行分离、纯化和干燥工艺。