本发明提供了一种特种车用电控发动机冷启动控制方法及系统，该方法包括以下步骤：获取进气格栅加热器的预加热时间；冷启动控制器根据冷启动开关状态、冷却液温度和环境大气温度，判断是否需要开启冷却液加热器；如果冷启动控制器判定不需要开启冷却液加热器，则不开启冷却液加热器，且发动机控制器直接控制进气格栅加热器执行加热过程；如果冷启动控制器判定需要开启冷却液加热器，则开启冷却液加热器，且当冷启动控制器根据冷却液加热器的工作状态和冷却液温度关闭冷却液加热器后，发动机控制器再控制进气格栅加热器执行加热过程。本发明通过控制进气格栅加热与冷却液加热器协同工作，实现自动控制进气预热开启时刻和冷却液加热器加热时长，有效提高发动机在‑35℃及以下低温环境下冷启动的成功率。