本发明公开了一种无人机在输电线路区间检测净空高度的导航方法和系统，涉及无人机导航技术领域，包括：控制无人机启动激光雷达对地面进行扇形扫描，同时保持高度朝向目标输电线路区间飞行，并在激光雷达的扫描信号最小距离值低于第一预设距离时控制无人机悬停；基于第一扫描点和第二扫描点在扇形扫描区域内的相对间距，调整无人机的面向与两条平行的输电线路平行，和控制无人机在目标输电线路区间内的中部位置巡航；在激光雷达扫描到目标输电线路区间的一端的杆塔到无人机的距离小于第二预设距离时，控制无人机调转方向。本发明无需等待GPS信号就可以快速起飞，且飞行过程中无需考虑指南针受到输电线路的电磁干扰。