本发明提供一种高压盐水层的精细控压钻井方法及系统，具体步骤如下：S1获取高压盐水层井段的工程地质数据，确认井段所处工况；S2根据高压盐水层工程地质数据、高压盐水层钻井高密度钻井液的特性建立不同工况下的高压盐水层井底压力计算模型；S3将待计算的高压盐水层的工程地质数据输入高压盐水层井底压力计算模型得到待计算的高压盐水层的井底压力；S4使用所述井底压力进行高压盐水层的精细控压钻井。本发明方法使得井底压力值的计算更为精确，有助于及时预判井下复杂情况，有效地调整钻井施工措施，实现高压盐水层的精细控压钻井，防止深水钻柱在深水环境载荷的影响下出现复杂事故。